Tenho usado este plug-in já faz algum tempo e recomendo.
Fonte: http://www.newsight.de/2009/02/09/source-code-formatter-for-mxmlas3/
Outro plug-in é o sugerido pelo Eduardo Kraus no seu post: Ctrl+Shift+F no Flex Builder.
Veja o post original no blog do autor aqui!
